东汉末年，中央主要力量依靠：士人、宦官、外戚这三大集团，其中的宦官和外
戚常年争斗，导致东汉末年皇帝更换频繁，各地盗贼横生，朝廷力量薄弱，让各州、郡、县自己征兵御敌。黄巾起义把天下搅的大乱，东汉朝廷更是无力剿灭黄巾叛贼，只好下令放权地方，各州郡自己组织兵力抵抗，最终导致了“诸侯”割据的局面。
一般认为，东汉时期荆州是下辖七个郡的，分别是：南阳郡、南郡、江夏郡、零陵郡、桂阳郡、武陵郡、长沙郡。而曹操在收降荆州后，分南郡北部为襄阳郡，分出南阳郡一部为南乡郡；还有另一种说法是襄阳郡和章陵郡，但是历史上没有“荆襄九郡”的说法，只有“荆襄八郡”。但是，荆州是四战之地，后期被曹、孙、刘三家占领后又各自设置了其它的郡。
最初的刘表，基本上占据了“荆襄七郡”，后来被曹操夺走了南阳郡，黄祖战死后，江夏郡南部落入了孙权之手，所以，刘表活着的时候占据了荆州剩下的南郡、武陵郡、长沙郡、零陵郡、桂阳郡、江夏郡北部。刘表死后，曹操进兵荆州占据荆州北方四郡，基本上除了江夏郡外，其它的郡县名义上都完全归降曹操了，江夏郡曹操占领了江北一部，江夏郡江北另一部是刘琦、刘备（盘踞在夏口），江夏郡江南大部是孙权占据。赤壁之战后，刘备又夺取了荆南的武陵郡、长沙郡、零陵郡、桂阳郡，孙权夺取了南郡南部（江陵），曹操退守荆州北部（襄阳郡、江夏郡北部及以北地区）。后来刘备又请求“都督荆州”，孙权在鲁肃的建议下借刘备荆州之地来对抗曹操，刘备在荆州几乎是一家独大。再往后，孙刘双方湘水划界，江夏郡、长沙郡、桂阳郡归孙权，南郡、武陵郡、零陵郡归刘备。关羽失荆州后，孙权夺取了刘备的荆州地盘，刘备势力被逐出荆州。曹、孙、刘都曾经对自己占领的荆州地区做了新的郡县划分，这个就比较乱了，尤其是孙权，将很多县升级成郡，比如：长沙郡一分为三了。
荆州的治所也多变，东汉早期荆州官方治所在汉寿，汉寿作为荆州刺史的治所至少持续到中平末年天下大乱的时候。后来，荆州刺史王睿上任后，与武陵太守不和，可能是出于避祸的考虑，王睿搬迁治所到江陵，可后来还是被武陵太守曹寅和孙坚给搞死了。王睿被孙坚杀死后，刘表接任，刘表上任后立马将治所搬到了襄阳，主要是忌惮当时蹲在南阳盆地的袁术，事实上后来袁术确实派遣将军孙坚与刘表争夺北荆州。袁术被揍跑了之后北方的曹操对刘表也是威胁，所以直到刘琮举州投降，荆州刺史都是治所襄阳。后来荆州被曹、孙、刘三家瓜分，各有自己的治所。三家归晋后，治所设在江陵。
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